Na figura, ilustra-se a ligação entre a enzima metaloproteinase-12 (MMP-12) e uma substância inibidora que se liga a essa enzima com auxílio de um átomo de Zn(II) e resíduos de histidina da MMP-12. A enzima participa de processos como inflamação e funciona com mais eficiência quando está próxima a uma membrana celular. Graças às ferramentas da Química Computacional, esses conjuntos podem ser investigados, permitindo o estudo das interações químicas que são formadas e calcular suas propriedades termodinâmicas. Com essas informações, novos compostos mais eficientes podem ser planejados para interagir melhor com alvos moleculares como a MMP-12 e outros.