Alimentos fermentados espontaneamente constituem um reservatório para novas estirpes de leveduras com potenciais características probióticas. Vários produtos fermentados espontaneamente produzidos no Brasil são fontes de leveduras e bactérias, já que esses compreendem uma mistura simbiótica microbiana complexa. Muitos microrganismos presentes nesses alimentos apresentam características probióticas e são potencialmente benéficos à saúde. 

O grupo de pesquisa do NEFER tem como foco o estudo de cepas isoladas de alimentos fermentados, bactérias e leveduras, quanto ao seu potencial probiótico e funcional, além de utilizar esses microrganismos na produção de alimentos fermentados não lácteos à base de cerais, tubérculos, amêndoas e sucos de frutas. Após alguns anos de pesquisa, isolamos cepas de alimentos como cacau, bebidas indígenas, kefir, azeitona e outros microrganismos com boas características probióticas, entre eles espécies de bactérias do gênero Lactobacillus, e as leveduras Saccharomyces, Pichia, Debaryomyces. Esses microrganismos foram utilizados posteriormente na produção de alimentos e bebidas fermentadas funcionais, como bebidas à base de cereais, amêndoas, tubérculos e frutas, mostrando sobrevivência durante tempo de estocagem e aceitação pelos consumidores.